プレスリリース：2008年9月 1日
ＤＮＡＳＴＡＲ社、【ＳｅｑＭａｎ ＮＧｅｎ ｖｅｒ．１．１】リリース開始
ＤＮＡＳＴＡＲ社、Illumina、454などの次世代シークエンサーのアッセンブルツール【ＳｅｑＭａｎ ＮＧｅｎ ｖｅｒ．１．１】リリース開始
過日、米国のDNASTAR社より、６４ビットパソコン上で動作する、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、454などの次世代シーケンサーデータアッセンブラー、“SeqMan Genome Assembler”のEarly Release版が発売されたことをアナウンス致しましたが、このたび、いくつかの画期的な機能を付加し、正規版として名称も「ＳｅｑＭａｎ ＮＧｅｎ（ＳＮＧ）」と改め、正式リリースを開始致しました。
付加された新機能
- 最大で１２００万basesまでのアッセンブルが可能（SeqMan Proによる制限）
- Illuminaから出力される短鎖リードと４５４およびサンガーから出力される長鎖リードの混合アッセンブルが可能！
- テンプレートによるアッセンブルのみならず、テンプレートを要さないde novoでの微生物ゲノムのアッセンブルを実現！
- Pair-end データのアッセンブルにも対応！
- 蓋然性の低いデータや、繰り返し配列の多いゲノムのアッセンブルにも有効
- 結果の出力は、従来のSeqMan projectファイルに加え、Phrap assemblyフォーマットおよびFASTAフォーマットでの出力が可能になり、既存のソフト資産を生かすことが可能
一般的機能
ＳｅｑＭａｎ ＮＧｅｎ（以下「ＳＮＧ」と略します） はコマンドライン操作によって、Illumina®, 454®, そしてサンガーテクノロジーからのシーケンスデータを独自のアルゴリズムでアッセンブルするアプリケーションです。
Windows® XP 64ビット版およびWindows Vista 64ビット版、 Mac OS X 10.4および10.5 Leopard（要Intel 64bit プロセッサー）両プラットフォームにてご使用頂けます注１）。
ＳＮＧではassembling parametersを使用してデータセット特有の条件に調節することで完全なフレキシビリティを提供し、さらに de novoアッセンブルを組み合わせることにより、template（reference）を用いたアッセンブルにより生じるギャップを埋め、insertion、deletionなどの検出、特に新たなSNPｓ探索に威力を発揮致します。
またベクターやエンドトリミング、既知のリピートやプライマーなどのコンタミ配列をアッセンブリから削除するなどのプロセス前オプションを設定することもできます。
既知のSNPs, CDs, その他のフィーチャーをアッセンブル前にSeqBuilderにてテンプレート配列に対してアノテーション付けするとSeqMan Proにおける推定SNPsの同定解析をより強化することができ、ＳＮＧによるアッセンブル後には、保存したプロジェクトをSeqMan ProにてSNPs同定やカバー率解析などの解析用に閲覧することができます。
注１）今回はWindows版のみの発売になります。Macintoshユーザーの方はもうしばらくお待ち下さい。（Boot CampによるWindows版の使用は可能ですが、現時点でサポートは致しかねます）
御興味のあるお客様には３０日間の無料デモ版を御提供致します。
また、実際にデータをお持ちで、御購入を検討されるお客様には、ＳＮＧおよびSeqMan Proを含むLasergeneをインストールしたWindows 64ビット版パソコンの貸し出しも予定しております。
その他、詳細な機能、価格などにつきましては下記までお気軽にお尋ねください。
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