宇都宮大学　バイオサイエンス教育研究センター　ゲノミクス解析部門（松田 勝部門長）では、遺伝子配列解析ツールとして、Lasergeneライセンスの導入／採用を致しました。
ゲノミクス解析部門では、施設利用者の遺伝子解析を支援するばかりでなく、塩基配列の解析、フラグメント解析の受託も行い、また学部学生向けの遺伝子実習に加えて、高大連携の高校生を対象とした講座も行っており、遺伝子研究の技術的な支援を行っています。
当解析部門では、Lasergeneのネットワークライセンスを導入し、多くの学生ユーザが遺伝子解析に使用できる環境を整えました。

宇都宮大学　バイオサイエンス教育研究センター
http://c-bio.mine.utsunomiya-u.ac.jp/

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遺伝子解析ソフト開発会社、米国DNASTAR社より2007年12月末日、次世代シーケンサーアッセンブラーSeqMan Genome Assembler(以下SMGA)、Early Releaseバージョンが発売開始されました。
このアプリケーションの導入により、従来のSeqManProにて可能であった454LifeScienceTMおよびサンガーシーケンスからのデータのみならず、Illumina社®のSolexaマシーンからの配列データもデスクトップ型コンピューターにて高速にアッセンブルすることが可能になりました。

• 機能について

SeqMan Genome Assembler (SMGA) はコマンドライン操作によって、Illumina®, 454®, そしてサンガーテクノロジーからのシーケンスデータを独自のアルゴリズムでアッセンブルするアプリケーションです。
Windows® XP X 64 and Mac OS X 10.4 両プラットフォームにてご使用いただけます。
SMGAではassembling parametersを使用してデータセット特有の条件に調節することで完全なフレキシビリティを提供し、ベクターやエンドトリミング、既知のリピートやプライマーなどのコンタミ配列をアッセンブリから削除するなどのプロセス前オプションを設定することもできます。
既知のSNPs, CDs, その他のフィーチャーをアッセンブル前にSeqBuilderにてテンプレート配列に対してアノテーション付けするとSeqMan Proにおける推定SNPsの同定解析をより強化することができ、SMGAによるアッセンブル後には、保存したプロジェクトをSeqMan ProにてSNPs同定やカバー率解析などの解析用に閲覧することができます。

• ベータテストについて

さらに、ただ今ベータテスターとしてSMGAの機能を確認テストしていただくことができます。お客様のデータサンプルをお送りいただいてメーカーにて解析をし、結果をお客様のお手元で判断していただくことができます。詳しくは弊社までお尋ねください。

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従来のSNP及びヘテロ・ホモ両インデルの高速検出、メチル化解析などに加え、以下の機能が追加されました。

2007年12月15日、SoftGenetics社より変異解析アプリケーションGeneMarkerの新バージョン1.7がリリースされました。

GeneMarkerは研究者にフレンドリーな簡単、高速、精度、の3拍子そろったジェノタイピング（遺伝子型特定）ツールです。全ての主要な電気泳動システム(Applied Biosytems, Megabace, Beckman-Coulter または SpectruMedix)に対して互換性があり、同社のJelMarker™と併用すると LI-Cor (r) 4300 DNA 解析器や Kodak Image Station 4000Rなどからのゲルイメージをよりよく解析することができます。 AFLP、MLPA、HID、SNPlexなど、様々なパネルに対応しており、Muation Surveyor同様、多数の欧米の研究機関導入実績及び、論文掲載実績がございます。
MLPA(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)法はオランダのMRC-Hollandによって独自に開発された、従来のPCR法などでは検出困難であった大規模遺伝子変異(Exonの欠失など)を高感度かつ特異的に検出する新規遺伝子解析法であり、これにより遺伝子変異パターンを性格に検出することができます。 新バージョンでは従来のMLPA多型解析機能にMethylation Specific-MLPA(MS-MLPA)機能が付加されました。これによってPrader-Willi Syndrome (PWS) やAngelman Syndrome (AS)のようなGenomic Imprintingや、ME001B Tumor Suppressor, ME002 Tumor Suppressor, そしてME011のような Promoter Methylation検出を正確に行うことができます。

機能無制限の35日間無償トライアルCDがございますので、ご希望の方、および見積もり、その他質問については弊社までご連絡ください。

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株式会社ネットウエルが米国リセルカ社と提携し、ライフサエンス部門コンサルタント業務を充実

株式会社ネットウエル（本社：東京都新宿区、代表取締役社長：榎本格、以下「当社」）は、薬品開発業務受託機関（英文Contract Reserch Organization略ＣＲＯ）であるRicerca Bioscience, LLC（本社：米国オハイオ州コンコード、最高責任者：R. Ian Lennox、以下「リセルカ社」）と販売コンサルタント契約を締結しました。

• 背景

日本の製薬業界は海外に比して研究開発費、コスト削減の両面で立ち遅れており、リード最適化や合成プロセス開発などソフト・ハード両面においても本格的な創薬アウトソーシングはほとんど進んでおりませんでした。リセルカ社は莫大な規模と最新設備、そして優秀な人材を備え、コンサルテーションそして創薬アウトソーシングを展開しており、一方、当社はバイオインフォマテックス分野に遺伝子解析ソフトを販売や、バイオベンチャー企業などに販売コンサルテーションや営業支援業務を行っており、両社の顧客層の大半が共通であることから、これまでは製薬企業にとっては多大な時間とリスクを要した海外CROとの受託契約の円滑化促進を目標として、この分野における事業を共同で展開して参ります。

• 提携業務の内容

創薬プロセスで非常に重要なリード探索支援、最適化、化合物合成、前臨床試験、及び臨床試験申請文書作成支援までの創薬プロセス全般にわたる業務の受託、個別の薬品分析サービス、キロラボからパイロットプラントまでの製造プロセス開発の提供、農薬開発試験部門においては、農薬登録申請に必要な各種毒性、運命、環境試験等の受託等を中心に行います。

• リセルカ社について

米国オハイオ州クリーブランド近郊の広大な敷地に多数の研究室、動物室を保有し、最先端の分析機器と製造設備、及び優秀な人材を多数擁し、近年では、製薬トップ20社のうち13社と提携し、45種の医薬品が臨床試験に進み、125種以上の医薬品候補を保有するなど、その実績を誇っています。経営面でも毎年25％の売り上げ成長を記録し、2007年度も60億円の売り上げを見込んでおり、これらを基に今年度中には18億円の設備投資を行い、人員も15％増やすという更なる技術革新に乗り出しております。これらの実績・革新に裏打ちされたリセルカ社の下記サービスを利用することにより、創薬プロセスにおけるリスクを回避し、コストを大幅に削減した上で、徹底したGLP、cGMPにより、FDA、EPA、OECDなどの規制対応に貢献をしております。

1. 医薬品開発部門

リード探索支援及び最適化、ADMET試験、合成ルート開発、犬・ラット・マウス病態動物モデル実験、多形体スクリーニング、QCテスト、毒性試験(急性・亜急性・慢性)、神経毒性試験、生体物質分析(LC-MS/MS等)、規制当局への登録サポート

2. 特殊化学薬品部門

プロセス化学、特殊化学薬品製造(電子化学品、バイオ化学品、ポリマー等)、不純物解析、物理特性試験(機械試験等)、定量分析、組成分析、高分子分析、無機分析

3. 農薬開発・試験部門

プロセス化学、分析化学、環境運命試験･残留農薬試験(劣化試験、魚類・植物・動物における代謝試験、移動性試験)、毒性試験(亜急性･慢性)、発がん性試験、神経毒性試験、催奇形。

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米国DNASTAR社はLasergeneVer7.2 のリリースを2007年7月31日に発表いたしました。国内正規販売代理店、株式会社ネットウエルでは日本国内のユーザーに対して、同製品の出荷を8月初旬より開始いたします。
Lasergeneは米国DNASTAR社が開発した統合型遺伝子配列解析ソフトウェアです。
米国DNASTAR社は、20年以上にわたり遺伝子解析分野の製品を世界の研究者に提供してまいりました。
同社の主力製品であるLasergeneは、これまで多くのバージョンアップを重ね、研究トレンドに合致した遺伝子配列解析環境として成長を継続しています。
今回リリースされたLasergeneVer7.2は数々の機能追加及び改善点を加え、基礎研究から最新医療現場に至るまで、幅広い有効性を実現しています。

Ver7.2の主な改良点は、454LifeScience™の次世代シーケンサーのデータアッセンブルおよびWindows Vistaへの完全対応

E.coliサイズ以上のゲノムの高速アッセンブル

• SeqManProにおける強化改良によって、今まで以上にアッセンブルが容易になり、E.coli以上のゲノムのアッセンブルが、標準のデスクトップコンピューターにて実行できるようになりました。

大きめのExpressed Sequence Tag(EST)、SingleNucleotitePolymorphism (SNP)データーセット、その他広範囲に及ぶカバー率解析を必要とするプロジェクトのアッセンブル

• SeqManProにおいて、ESTやSNPプロジェクトがよりよいカバー率にて正確に行なえるようになりました。

454 Life Sciences™出力ファイルの読み込み(*.sff, *.fna, .fasand *.qualtypes)

• 454 Life Sciencesによって提供されているパイロシーケンスは、このエリアにおいては最も定着のあるアプリケーションになっています。SeqManProでは、この454ファイルフォーマットを直接インポートすることができます。また、サンガーシーケンスと同時読み込みによって、より有効的にLasergeneを使用していただくことができます。

Maximum Expected Coverage（MEC）反復領域解析

• 新しいパラメーター設定によって、カバー率の最高値を指定することができます。Strategy Viewにてこの値を超えた領域は太い赤のラインセグメントで表示されます。

454®アッセンブリを可視化するフローグラム

• *.sff出力を利用したフローグラムの図を作成することができます(以下の図)。ベースコールとクオリティースコアが、ヒストグラム内にそれぞれ表示されます。ベースコールは2列目に表示されています。

Windows Vista™に完全対応

• Lasergeneｖ7.2では、Windows®Vista™、XP、2000と、Macintosh®OS10.3と10.4への互換性が完全に保証されました。

その他従来のモジュールには

• SeqBuider ー配列編集・アノテーション付け・バーチャルクローニング
• GeneQuestー遺伝子領域検索
• Proteanーアミノ酸配列解析
• MegAlignーアライメント・系統樹作成
• PrimerSelect－プライマー及びプローブ設計

など、様々な用途にあった機能を提供しております。

LasergeneVer7の最新機能を体感していただく為に、株式会社ネットウエルでは1ヶ月間フル機能をお試し頂くことのできるデモンストレーションバージョンを無償にてご提供いたします。

注：454ならびに454 Life Sciencesは登録商標であり、その権利は454 Life Sciences Corporation, Branford, CTへ属します。
Windows VistaはMicrosoft Corp.の登録商標であり、MacintoshはApple Inc.の登録商標です。

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米国DNASTAR社はマイクロアレイ発現解析ソフトArrayStar Ver72.0 のリリースを2007年6月6日に開始いたしました。
国内正規販売代理店、株式会社ネットウエルでは日本国内のユーザーに対して、同製品の出荷を6月初旬より開始いたします。
ArrayStar2.0は、従来のNimblegenデータ専用の可視化ツールであったArrayStar1.0に統計・クラスタリングなどの解析機能を付加したArrayStar2.0は、Nimblegenファイルはもとより、Affymetrixファイルの取り込みや、そのアノテーションの取り込みもダイレクトに行なうことができ（別途無料登録要)、遺伝子名からアノテーション、その他データベースのIDなどの情報を特定することが容易に行なえる、フレキシブルなソフトウェアです。
多様な図解解析機能もあり、タビュラー・ヒートマップ・スキャッタープロット・ライン・サムネイルなどを同期して使用することができます。
マイクロアレイ解析ソフトにありがちな高価格・年間ライセンス形態をやめ、画期的な買取形態としてWindowsプラットフォームに対して提供されます。

主な機能

• 発現プロファイリング
• 遺伝子の発現パターンの同定
• 遺伝子の相対的発現レベルの同定
• 同時調整遺伝子群の同定
• 同時調整遺伝子のクラスターの可視化
• 分別発現された遺伝子の同定
• 機能による遺伝子群のアノテーション

ArrayStar2.0の最新機能を体感していただく為に、株式会社ネットウエルでは1ヶ月間フル機能をお試し頂くことのできるデモンストレーションバージョンを無償にてご提供いたします。

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株式会社ネットウエル(以下、ネットウエル)は2007年3月2日、米国ペンシルバニアに在する遺伝子情報解析ソフト開発会社SoftGenetics®社(以下、SoftGenetics)と日本における代理店契約を締結致しました。
SoftGenetics社は変異解析ソフトMutation Surveyorを始め、多型解析ソフトGeneMarker, ゲルイメージ解析ソフトJelMarkerなどのアプリケーション開発および販売、またその他サービスを世界的に展開している企業です。これらソフトの導入実績も、欧米の主要な研究所を始め製薬会社などにも多数採用され、論文も数多く発表されております。
今後SoftGeneticsとの関係によって、ネットウエルはより多くの分野の研究者様達に対応できうるソフトウェアの品揃え、および品質を持って今後の日本の生化学および分子生物学の分野に貢献していきます。

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• DNASTAR社　遺伝子解析ソフトウェア　Lasergene Version7.1
• SoftGenetics社　遺伝子解析ソフトウェア　Mutation Explorer/Surveyor
• PremierBiosoft社

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米国DNASTAR社はLasergene Ver7.1 のリリースを2006年10月20日に発表いたしました。
国内正規販売代理店、株式会社ネットウエルでは日本国内のユーザーに対して、同製品の出荷を11月初旬より開始いたします。

Lasergeneは米国DNASTAR社が開発した統合型遺伝子配列解析ソフトウェアです。
米国DNASTAR社は、２０年以上にわたり遺伝子解析分野の製品を世界の研究者に提供してまいりました。
同社の主力製品であるLasergeneは、これまで多くのバージョンアップを重ね、研究トレンドに合致した遺伝子配列解析環境として成長を継続しています。
今回リリースされたLasergene Ver7.1は数々の機能追加及び改善点を加え、基礎研究から最新医療現場に至るまで、幅広い有効性を実現しています。
この度Lasergene Ver7.1のリリースにあたって、最新の遺伝子配列解析環境を日本のユーザー様に提供すべく、 株式会社ネットウエルでは同製品の出荷を11月初旬に開始いたします。

Lasergene Ver7.1の主な改良点は、SeqManにおいての機能強化及び、IntelMacへの完全互換

• フラグメントアセンブルツールSeqman

1. プロアセンブラーとクラシックアセンブラーの2オプションを提供することにより実験目的にあった
2. より相応しいアセンブル方法の選択が可能
3. アセンブル速度が10倍以上速くなり、大きい配列データも処理可能（100万配列まで）
4. サンガー法ならびに次世代配列テクノロジーとの併用可能（454のGS20などのPyrosequencing法に対応）

• 業界初のWindowsXP, 2000 ならびにIntel Chip Mac とPowerPC Chip 両方に対応

• VectorNTIのバッチファイルインポートが可能

Lasergene Ver7の最新機能を体感していただく為に、株式会社ネットウエルでは1ヶ月間フル機能をお試し 頂くことのできるデモンストレーションバージョンを無償にてご提供いたします。

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米国DNASTAR社はLasergeneVer7のリリースを2006年2月に開始いたしました。
株式会社ネットウエルでは日本国内のユーザーに対して、同製品の出荷を開始いたします。

Lasergeneは米国DNASTAR社が開発した統合型遺伝子配列解析ソフトウェアです。
米国DNASTAR社は、２０年以上にわたり遺伝子解析分野の製品を世界の研究者に提供してまいりました。
同社の主力製品であるLasergeneは、これまで多くのバージョンアップを重ね、研究トレンドに合致した遺伝子配列解析環境として成長を継続しています。
今回リリースされたLasergeneVer7は数々の機能追加及び改善点を加え、基礎研究から最新医療現場に至るまで、 幅広い有効性を実現しています。
この度LasergeneVer7のリリースにあたって、最新の遺伝子配列解析環境を日本のユーザー様に提供すべく、 株式会社ネットウエルでは同製品の出荷を２月に開始いたします。

LasergeneVer7に付加される最新機能一覧

シーケンスマッピングツールSeqBuilder

• バーチャルクローニング（TA, TOPO®and Gateway®プロトコルのサポート）
• ピクチャーファイルのイラストレーターファイル出力をサポート
• 互換性をもつ酵素セレクターのショートカット

フラグメントアセンブルツールSeqman

• プライマーウォーク法のサポート
• SNP解析機能の強化

遺伝子領域予測ツールGeneQuest

• GeneQuestのパフォーマンスアップ

シーケンスアライメントツールMegAlign

• Bootstrap法の追加

データマネジメント機能DataManager

• ワークフロー作成機能のサポート
• プロジェクトマネージメント機能のサポート

LasergeneVer7の最新機能を体感していただく為に、株式会社ネットウエルでは1ヶ月間フル機能をお試しいただくことのできるデモンストレーションバージョンをご用意いたしました。
また、3月末までの特別価格キャンペーンも実施予定でございます。

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