リアルタイムPCR・マイクロアレイ用
AlleleID
リアルタイムPCR・マイクロアレイ用プローブ設計
Beacon Designerとほぼ同等の機能を持ち（NASBA,LNAスパイクTaqManプローブ設計、マルチアッセイデザインを除く）、AlleleID特有のTaqMan MGBプローブ設計を兼ね添えています。リアルタイムPCR用プライマーはもとより、マイクロアレイ、発現マイクロアレイ、スプライスバリアントマイクロアレイ用のプローブ設計を行なえます。また、2次生産物の除去、種特有プローブの検出、SNP検出、及び異種間アッセイ用プローブ設計機能もございます。
BLAST結果を利用してテンプレート構造を避けながらオリゴを作成し、保存領域、種特有領域の同定目的のためのマルチプルアライメントも行なえます。
- コピー数と変異検出用Multiplex ligation-dependent probe amplification(MLPA)アッセイ
AlleleIDではMRC Hollandによって紹介されているMLPA法の合成プローブを設計することができます。エクソン欠失、コピー数変化、CpGメチル化パターンを検出することができます。また、PamGeneアレイ用のｍRNA、DNA、および変異特異性のあるMLPAプローブも作成します。
- 種同定アッセイ/異種間アッセイ/アレル同定アッセイ
ClastalWによって配列をアラインし、保存領域や種特異的領域を解析します。その後リアルタイム PCR プライマー設計プログラムを使用して両端にラベルのついたプローブを設計します。これらのアッセイは混合した種から特定の株を検出するために設計されます。
異種間アッセイでは、保存領域を同定するためにユニバーサルプローブを設計します。近隣種では、遺伝子発現の研究に使用されます。
- アッセイアルゴリズム
高い特異性のあるオリゴは、BLAST検索結果を自動的に解釈することでホモロジー度の高い領域を避けて設計されます。リアルタイム PCRプライマー及びプローブの効果は、Mfoldサーバーに接続してテンプレートの第2次構造を避けることによって強化されます。また、Minimal Setフィーチャーによって、微量のアレル特異性オリゴヌクレオチドプライマーや両端ラベルプローブの設計をサポートします。
- リアルタイムおよび定量PCRアッセイとSNP/発現マイクロアレイの設計
リアルタイム定量PCR識別遺伝子発現やSNPジェノタイピングアッセイ用に、最適SYBR®グリーンプライマー、TaqMan®プローブ、 TaqMan® Minor Groove Binding (MGB) プローブ, FRET プローブもしくは モレキュラービーコンを設計します。リアルタイムPCRプライマーおよび両端ラベルプローブは1ランで最大1万配列まで設計できますので、SNP研究やマイクロアレイ発現研究に使用することができます。
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