全ゲノム・SNP・発現マイクロアレイ用
Array Designer
全ゲノム・SNP・発現マイクロアレイ用オリゴ設計
Array Designerは、マイクロアレイ用に最適なcDNAまたはオリゴプライマーやプローブを迅速に、かつ効率良く設計するためのツールです。タイリングアレイ、リシーケンスアレイ、 SNP検出、遺伝子発現にも対応し、設計されたプローブを自動的にNCBIのBLASTサーバに送ることでシグナル特性を検証することができます。
- 特定領域のBLAST検索
NCBIもしくはカスタムデータベースからのゲノムデータに対してBLAST検索を行い、その結果から高特異性のあるオリゴを設計します、同定された有意義なホモロジーは、オリゴ設計において自動的に避けられます。繰り返し領域も同様に自動的に避けられます。
- スタンダードアレイ設計
シングルランにおける複数の配列に対してのSNP検出や、遺伝子発現プロファイリング用のプライマーやプローブを設計します。10,000以上の配列を1度に選択できます。
- 全ゲノムアレイ
全ゲノムにおける個々の遺伝子やエクソンを検出して生物の全体遺伝子構造を簡単に調べることができます。これによってスプライシングされたトランスクリプトやSNPs、個人やポピュレーションにおけるDNA配列のばらつき、comparative genome hybridization(CGH)などの違いなどを容易に発見できます。
- タイリングアレイ
リピート領域を避けながら、長いゲノム配列の個々の塩基を発見することができます。
- リシーケンスアレイ
リシーケンス用アレイを設計して、大量のサンプルの中からSNPや他の配列変異を検出することができます。リシーケンスの際、共通の問題としてテンプレート内のクロスハイブリダイゼーションによるフォルス塩基コールがありますが、BLASTによってこれらのフォルスポジティブを生ずるホモロゴス領域を同定してそれらを含まないプライマーを作成することによってこれらのフォルスポジティブを避けることができます。
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