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ライフサイエンス営業部

FAQs　よくいただくご質問の回答

MegAlign-Answers
  1. アライメントの編集の仕方はどうするのか？
    マルチプルアライメントを終了した後に、Straighten Colums, Shuffle RightとShuffle Leftパレットツールを使ってアライメントの一部分を手動で再アライメントします。Straightenは違う配列から選択した残基を、その選んだ配列の左にギャップを挿入することでアライメントします。Shuffleはある残基が、あるギャップの末尾から他のギャップへ移動された時に使用します。
  2. 系統樹をエクスポートするにはどうすればよいか？
    系統樹をアクティブウィンドウにして、Edit>Copyを選択します。系統樹はクリップボードにコピーされますので、それを他のアプリケーションに貼り付けます。注：MS ワードとMS パワーポイントでは、編集>形式を選択して貼り付けを選び、それから図(拡張メタファイル)を選択します。一旦系統樹がピクチャーとしてアプリケーションに貼り付けられたらサイズハンドルを使用してドラッグしてサイズを変更することができます。イメージに変更を加えたい時は、グループの解除オプションを代替アプリケーション内から選択して、個々のキャプション、ラベル、ボックス等を編集、もしくは削除、サイズ変更することができます。
  3. MegAlignでのフィーチャーの追加の仕方は？
    MegAlignでは、配列を編集する機能はございません。が、ギャップの追加、削除は可能です。MegAlignのファイルメニューから'send sequence to...'でSeqBuilderを選び、SeqBuilderでフィーチャーを追加すると、その追加はMegAlignに反映されます。
  4. 保存領域のデコレイトの仕方については、どうすればよいか？
    OptionsからNew Decorationへ行き、Shade/Box residues that Match the Consensusを選択します。そして、Alignment reportをViewから見ます。また、OptionsからAlignment Report Contentsに行くと、Show Consensus Strengthで、Majority Consensusと、aligned residueのそれぞれのコラムとの間で一致したヒストグラムを表示するものを選択することができます。　強一致は赤色を最強として高さと色で表示されます。
  5. MegAlighの中で、配列の塩基を編集することができるか？
    装飾はメニューバーのOptions/New ConsensusかConsensiで編集できますが、配列はメニューバーのFile>Send Sequence ToでSeqBuilderを選んでいただくことになります。ギャップ間の移動のみであれば、上の1のアライメントの編集の仕方はどうするのか、を参照してください。
  6. マルチプルアライメントのサンプルの表示順を変更するにはどうするのか？
    変更したい配列をハイライトして、ドラッグして移動することで可能です。
  7. 塩基配列での配列比較ではなく、アミノ酸配列での比較後にアミノ酸配列へ逆翻訳できるか？
    アラインメントウィンドウの一番左上のボタン(二重螺旋マーク、Show as DNA)をクリックすると自動的に全配列が逆翻訳されます。
  8. フォルダーから一気にファイルを読み込んだ後、希望するもののみをアライメントすることはできるか？
    選択した領域を選択し、メニューバーのAlign/Create Alignment from Selectionをクリックしてその範囲のみをアライメントできますが、選択した配列のみをアライメントする際は、不必要なものを、そのワークベンチより削除してもらうことになります。
  9. 興味のある場所をマニュアルで指定して、それらをドッキングさせてアライメントはできないか?
    ドッキングはSeqBuilderかEditSeqでしか出来ません。その後、Send Seqence toでMegAlignに送るのが唯一の方法です。もし興味範囲が1箇所のみであれば、上の6を参照にしてください。
SeqManPro-Answers
  1. 波形データをSeqManProプロジェクトで見るにはどうすればよいか？
    Project>Alignment Viewに行き、それぞれの配列の隣の△をクリックして、トレイスデータをみます。また、別の方法として、Alt/Option＋クリック（Win/Mac）を、配列のどの△上でかまいませんのでしていただくと、波形データを開いたリ閉じたりすることを、一度で行なうことができます。
  2. 自分の全ての配列を一つのコンティグにするにはどのようにすればよいか？
    全ての配列を一つのコンティグにするには、アッセンブルパラメーターを緩める必要があります。そのためには、Project>Parametersへ行き、Assemblingを左側のスクリーンから選択します。アッセンブル法を選択した後、Match Size,Minimum Match Percentage,Minimum Sequence Lengthを他のパラメーター同様調節します。詳細についてはAppendix1を参考にしてください。
  3. Qスコアとは何？
    QスコアはSeqManがトレイスデータの1つ1つのピークに対して適用するクオリティスコアのことです。ピークのクオリティスコア(Q)は、それぞれのピークの形と高さを基に計算されており、配列全体の全てのピークの最高丈に相対するよう調節されています。より高く、よりシャープなピークは一番高いスコアを付けられます。下のピークの高さは一番高いピークのスコアから差し引かれたものです。ギャップはクオリティスコアに含まれませんので，ご注意ください。
  4. トリミングパラメーターを調節するにはどうすればよいか？
    トリミングパラメーターはUnassembled SequencesウィンドウからTrim Endsボタン、もしくはProject>Parametersに行き、End Trimmingをスクリーンの左側から選択することで、調節することができます。End TrimmingはQuality Scores、もしくはFixed endpointsを基盤としています。
  5. プライマーウォーキングレポートを保存するにはどうすればよいか？
    プライマーウォーキングレポートを開いたままにして、File>Save Primer Infoに行きます。tab-delimited ファイル(*.txt)、もしくは FASTAファイル(*.fas)にてプライマーを保存できます。
  6. どのようにしてプライマーウォーキング用にプライマーパラメーターを変更するのか？
    Project>Parametersに行き、Primer Walkingを左のリストから選びます。ここでPrimerの長さ、塩濃度、デルタ―G計算などののパラメーターを他の特徴共々調節できます。
  7. どのように見つけたプライマーやコンティグ全てを見ることができるか？
    Contig>Strategy viewに行きます。プライマーは緑色や赤色で、コンティグの上もしくは下に表示されます。
  8. なぜSNPは色がちがうのか？
    SNPでないもののデフォルトカラーは灰色で、推定SNPは青色、確認されたSNPは緑色、そして否定されたSNPは赤色で表示されています。全ての参考SNPは確認されたSNPとして色づけられていることにご注意ください。これらの色を変更するには、Project>Parametersに行き、SNP Discoveryを選択して、カラーボックスのどれかをクリックし、カラーパレットからお好きな色を選択します。OKをクリックして選択を終了します；Restoreは、デフォルトカラーに戻る時に使用します。
  9. どのアッセンブルメソッドを使うかは、どのようにして選択するのか？
    SeqManは2つの異なるアッセンブル法を提供しています：Classic assemblerとPro assemblerです。一般的に、Pro assemblerはデータが、1)大きい、2)反復配列を含んでいる、3)ノイズエンドを持つ、4)SNP解析に使用したい、などの際に使用します。一方、Classic assemblerは、1)データが反復配列を含んでいない、2)ベクタートリミングを使用しない、3)前のバージョンのSeqManで作成されたアッセンブリを再現したい、などの際に使用します。全てのSeqManのパラメータ同様に、これらのアッセンブラーの1つを自分のデフォルトとして選択することができます。ProとClassicをそれぞれのSeqManプロジェクトごとにスイッチすることも可能です。
    詳細はAppendix1を参照してください。
  10. トリミングする際、トリムする方向もまた（サイズだけでなく）設定できるか？
    Unassembled SequencesウィンドウのSet Endを使って、アセンブルする前に読む方向を既に設定しておくことができます。また、トリムしたい範囲、もしくは強度もTrim Endsで設定できます。
  11. トリミングする際、数字をTrim Endで入力するのではなくて、配列図そのものを見ながらその図でトリミングすることができるか？
    Unassembled Sequencesウィンドウで、そのサンプル名をダブルクリックすると、その配列の波形データが新規ウィンドウで開きますので、その波形データの最左にある黒い縦バーをドラッグすると、配列を見ながらトリミングの箇所を調節することができます。
PrimerSelect-Answers
  1. 既に持っているプライマーのTmや％GCを検索するのにはどうすればいいか？
    PrimerSelectのLogメニューから、Primer Catalogを選びます。それからそれぞれのプライマーの別のラインについてのプライマー情報をカタログに入力します。エレクトロニックフォームでプライマー配列を持っている場合は、コピーペーストを使用できます。Tmと％GCはそれぞれのプライマーに対してカタログに表示されているように計算されます。PrimerSelect外でPrimer Catalogを作成することもできます。Primer Catalogとは、マイクロソフトエクセルで作成できる.pri拡張子tab-delimited ファイル(*.txt)のことで、最初のコラムが配列、2個目のコラムがプライマー名、そして三番目のコラム（オプション）がプライマーについての注釈が書かれているものです。現在のプライマーコレクションが、特定の鋳型配列に相応しいか知りたい場合は、プライマーをPrimer Catalogに直接追加するか、もしくはFile>Openで外部で作成されたPrimer Catalogを使うかして、鋳型配列をPrimerSelectに追加して、LocateメニューからOnly Catalogued Primersを選択します。
  2. プライマーペアのスコアはどのように計算されているのか？
    プライマーペアスコアは、4つの要因を基に計算されています：プロダクトの長さ、プライマーTm一致度、プロダクトTm差、安定性プロファイルです。そして、それぞれの要因に適用された重要性に基づいてそれぞれのスコアのウェイトを付けます。スコアリングには、理想のプロダクトの長さが考慮に入れられます。スコアリングパラメーター用にデフォルト値を見るには、Locate>Adjust Scoringに行きます。理想のプロダクトの長さと、それぞれの要因の重要性は、ルーラーをスライドさせて調節できます。別の方法としては、Set Valuesボタンの下で、これらの値を調節することもできます。
  3. プライマー用に配列の特定の場所を検索するにはどうすればよいか？
    プライマーを探索するためのPrimerSelect用に配列のある部分を特定することができます。これらを設定するには、Conditions>Primer Locationsへ行き、"Upper and Lower Primer Ranges"でプライマーの場所を制限します。そして、その上下プライマーの範囲を入力します。
  4. プライマー配列をエクスポートするにはどうすればよいか？
    Primer Catalogに加えることで、プライマー配列をエクスポートできます。そして予備のプライマーカタログとして保存します。Primer Catalogを開いたままで、File>Save Asを選択します。何を保存したいかと聞かれたら、"Primer Catalog"を選択します。すると、そのカタログをtab-delimited である、Primer Catalogファイルタイプ(*.pri)として保存することができます。このファイルはマイクロソフトエクセルや、他のtab-delimitedファイルを読める全てのプログラムで開くことができます。
  5. アニーリングの温度のアルゴリズムは何か？
    Ta = 0.3 Tm Primer + 0.7 Tm Product - 14.9　(Rychlik et al. (1990))
  6. プライマーを設計した後、それがその配列の中だけでなく、ゲノムレベルで他の配列にどう影響するのかを知りたいが、どうすればいいか？
    まずプライマーをPrimer Catalogに登録します。ゲノム配列を読み込み、メニューバーのLocate/Only Catalogued Primersをクリックする事で評価出来ます。
GeneQuest-Answers
  1. たった今選択したメソッドが、自分の配列上に表示されないが、それはどうしてか？
    自分の配列にメソッドを適用するには、メソッドを分析面にドラッグアンドドロップする必要があります。
  2. カスタムサーチパターンを入力するにはどうすればよいのか？
    カスタムパターンを検索するには、More Methodsメニューをクリックし、Patters>Type-in Patternをクリックします。自分のパターンの名前を入力し、適切な場所にPattern自体を入力します。自分のパターンに包括的な発現を盛り込むには、受理可能な塩基を四角の括弧で囲います（例：[CG]はCとGが受理可能ということです）。限定的な発現には、カール上の括弧で受理不可能な塩基を囲います(例：｛AT｝は、AもTも受理されないということです)。反復発現を入力するのを防ぐために、塩基を入力し、○括弧の中に、反復数を入力します（例：パターン"AG(3)T"は、AGGGTを検索します）。ギャップのある発現には、記号のXを入力し、ギャップの許容受理数を入力します(例：パターン"AX(1,2)G"は、以下の配列を認識します；AXG, AXXG, AXXXG)。最後に、Thresholdを設定して、何個のミスまで許容するかを特定します。この方法はそれが構文の部分でない限り、パターンにギャップをつくることはありません。あいまいな文字や、包括的な発現を使用した場合は、Thresholdを高いままにして、フォルスマッチを避ける必要があります。
  3. エクソンのコピーの仕方
    希望のエクソンをアノテーションとしてひとまず選択して、EditのCopyを選択すると、コピーすることができます。
  4. Borodovsky種の追加の方法
    http://exon.gatech.edu/GeneMark/ にて'Databases of predicted genes'がダウンロードできますので、もしBorodovskyリストに自分の検索する生物がない場合は、こちらからダウンロードしてください。そして、新しい Borodovsky matrix file をC:\Program Files\DNASTAR\Lasergene\Borodovsky Matrices にコピーすると、GeneQuest内で使用することができます。
  5. 転写因子結合サイトについて教えてほしい
    GeneQuestはBorodovsky のデータベース同様に転写因子結合サイトのデータベースを所有しています。左枠の上にMore Methodsとありますので、そこをクリックしていただきますと、メニューがアイコン下に表示され、そこのPatternsからSignals-tfd.datを選択します。すると、下の枠にPatterns-Singnals-tfd.datという項目が追加されますので、それをクリックしていただければデータベースがタウンロードされ、使用可能になります。また、データベースはDavid Ghosh( TFD: The transcription factors database. David Ghosh. National Center for Biotechnology Information, NLM, NIH, Bethesda, MD 20894, USA )より採用されているものです。
  6. SeqManの結果をGeneQuestに移動できるか？
    できます。FileメニューからSend Consensus Toを選択していただいて、希望のモジュールへ送りますと、そのモジュールが自動で立ち上がり、その配列を入力した状態でスタンバイします。Lasergeneは全てのモジュール間の統率機能があるため、一つのモジュールでの結果を、そのまま同じ手順で他のモジュールに移すことができます。
  7. 他の配列とマッチする部分を検索することはできるか？
    More MethodsよりGene Finding>DNA Finderに行き、そのメソッドをカーテン内にインポートしてから、分析面へとドラッグアンドドロップすると、マッチする部分が検索できます。また塩基配列が特定されている場合は、More MethodsよりPatterns>Type-in Patternにて、その塩基配列を入力して検索することもできます。
Protean-Answers
  1. たった今選択したメソッドが、自分の配列上に表示されないが、それはどうしてか？
    自分の配列にメソッドを適用するには、メソッドを分析面にドラッグアンドドロップする必要があります。
  2. ドメインは検索できるか？
    （予めLasergene7.1のCDよりProsite Databaseをダウンロードしておく。）More MethodよりPatterns-Prosite Databaseを選択し、インポートしたら、希望するデータを分析面へドラッグすると、検索できます。
SeqBuilder-Answers
  1. リニア、もしくはサーキュラーマップを他のワード、Adobeイラストレーターのようなアプリケーションにエクスポートするにはどうすればよいか？
    欲しい図解をアクティブウィンドウにして、Edit>Select Allを選択し、Edit>Copy as Pictureに行きます。図解がクリップボードにコピーされますので、他のアプリケーションに貼り付けることができます。注：MS ワードとMS パワーポイントでは、編集>形式を選択して貼り付けを選び、それから図(拡張メタファイル)を選択します。一旦図がピクチャーとしてアプリケーションに貼り付けられたらサイズハンドルを使用してドラッグしてサイズを変更することができます。
  2. どうのようにページ上に一つのラインとして自分のリニアマップを表示することができるか？
    １つのラインとして、リニアマップを見る時には、File>Page LayoutでGroups per Pageを１に変更します。
  3. 配列のフォントを変更するにはどうすればよいか？
    －配列の上か下の鎖をダブルクリックしてハイライトします。そしてFormat>Fontへ行き、配列のフォントを変更するか、Format>Sizeへ行き、サイズを変更します。
  4. 酵素フィルターを作成したいが、どうすればいいか？
    新規の酵素フィルターを作成するには、Enzymes>New Selectorへ行きます。Enzyme Selector Managerダイアログボックスを開き、新規のセレクターの名前を入力し、セレクターのタイプを選択します(Class, Overhand, Frequency, Pick, Combine)。そのセレクターが使用される際の基準をEnzyme Selector Managerのオプションを使用して選択します。 Evaluateをクリックして、新しいセレクターに基準を追加します。ほとんどのケースにおいて、酵素はEnzyme Selector Manager ダイアログの右のResultボックスに現れるセレクターによって選択されます。OKをクリックしてセレクターを作成します。新しいセレクターは、カーテン内のRestriction Enzyme>Filter by Selectorsサブフォルダーにて選ぶことができます。
  5. どのようにしてCloning Vector Catalogにセレクターを追加すればいいか？
    SeqBuilder内から、File>Openを選んでOpen File ダイアログを表示します。ベクターのカタログであり、クローニングプロジェクトであるCloningVector.sbpをハイライトしてダブルクリックします。ファイルはC:/Program Files/DNASTAR/Lasergene フォルダー(Windows)、もしくは Hard Drive:Applications:DNASTAR:Lasergene フォルダー (Macintosh)にあります。そして、以下の中から1つのことを実行します：ⅰ．ベクターファイルが配列ファイルの場合、フォルダーの1つをクリックして、File>Importを選択し、希望のファイルを選び出し、その配列をダブルクリックして開きます。そのファイルの配列のコピーがカタログに追加されます。ⅱ．別の方法で、ベクターファイルが配列ファイルの場合、そのファイルを開き、File>Add (ファイル名) to CloningVector.sbpを選択します。配列ファイルのコピーがカタログに追加されます。ⅲ．ベクターファイルが他のプロジェクトファイルにある場合は、そのプロジェクトをFile>Openからそのプロジェクトを選択して開きます。そのファイルをプロジェクトからCloning Vector Catalogへとコピーペーストします。それからCloningVectors.sbpウィンドウへ戻り、File>Saveを選択します。
  6. VectorNTI®データベースをインポートする方法は？
    SeqBuilderは１ステップのVectorNTIR DNA(*.gb)とタンパク質(*.gp)のバッチインポート機能を、VectorNTIR データベースアーカイブ、*.ma4 と*.pa4と共に提供しています。

    VectorNTIR 配列をインポートするには、新規のSeqBuilderプロジェクトを開きます(File>New Projectへ行きます)。自分の希望に合うProjectウィンドウ内のフォルダーを作成したり、オーガナイズします。それから*.gb と*.gpファイルを保存した場所、もしくはVectorNTIR データベースから単純に配列をハイライトして(Shift+Click)、SeqBuilder Projectウィンドウの適切なフォルダーにドラッグアンドドロップしてインポートします。*.ma4 もしくは*.pa4ファイルを保存された場所に移動させてインポートし、SeqBuilderプロジェクトウィンドウにドラッグアンドドロップします。SeqBuilder配列ファイルはフォルダーにドラッグされたVectorNTIR ファイルそれぞれに対して作成されます。
    Macintoshユーザーへの注意点：VectorNTIRはOS10.3以上のオペレーティングシステムにしか作動しません。LasergeneはOS10.3か、それ以上のものにしかサポートされません。もしVectorNTIRをOS10.2、もしくはそれ以前の環境で使用されている場合は、あらかじめ配列を*.ma4 もしくは*.pa4ファイルにアーカイブする必要があります。それから、OSを現在のバージョンにアップグレードして、上に描写された*.ma4 もしくは*.pa4ファイルをインポートします。
  7. ベクター(特にMCS)の追加するにはどうするのか？
    MCSを持つカスタムベクターを所有している場合は、それをクローニングプロジェクトに追加するか、もしくはベクターカタログに追加してください。クローニングプロジェクトに追加するには、FileからNew Cloning Projectへ行き、Vectorフォルダーを右クリックしてImportを選択します。ベクターカタログに追加するには、FileからOpenを選択し、Cloning Vectors.sbpを選びます。（デフォルトの位置はウィンドウズはC:\ProgramFiles\DNASTAR\Lasergene, MacはApplications:　DNASTAR:　Lasergeneです）。　そして、プロジェクト上のフォルダーのどれかを右クリックしてImportを選びます。もしくは、ベクターカタログに新しくフォルダーを作り、そこにカスタムベクターをインポートすることもできます。
  8. 制限酵素で切断した後の断片の長さの表示、または長さ順に表示できるか？
    Site Summaryに、全ての制限酵素の切断位置、切断長さが表示されます。制限酵素の切断頻度順にソーティングできますが、切断された断片の長さ順の表示はできません。
  9. GenBankなどからとってきた配列情報は、フィーチャーについているのか？
    はい、ついています。従って、後で各自で付け足す必要はありません。
General-Answers
  1. Lasergeneで他のソフトウェアからの配列ファイルを使用するにはどうすればいいか？
    Lasergeneモジュールのほとんどはマルチプルファイルフォーマットで配列をインポートします。インポートエクスポート対応のファイルフォーマットはAppendix2を参考にしてください。ファイルタイプが、選んだモジュールのリストに載っていない場合は、SeqBuilderでそのファイルを開き、Lasergene配列ファイルフォーマット(*.seq)で保存するか、File>Send Sequence Toを選択して選んだモジュール内で開きます。加えて、BLASTやEntrez検索をLasergeneアプリケーションを使用して実行する場合は、一致するリストから選んだ配列を直接Lasergeneアプリケーションに入力します。このオプションを選択する時、Lasergeneアプリケーションはそれぞれの配列のコピーをLasergeneフォーマットのファイルとして保存します。また、配列のアクセッション、もしくはID番号を使用して、直接NCBIからデータをダウンロードし、自動的にLasergeneモジュールで開くこともできます。
  2. Lasergene内で同期アップデート機能を使用するのはどうするのか？
    同期アップデートを活用するには、単純に同じファイルを１つ以上のアプリケーションで開きます。他のアプリケーションの配列の表現に影響のありそうな編集は全て他のアプリケーションを前に持ってきた際に表れます（つまり、明らかになります）。同期アップデートに関する詳細は、Appendix3を参照してください。
  3. Lasergeneバージョン５，６，７の主要な違いは何か？
    Appendix4参照
  4. BLASTやEntrez textデータベースをLasergene内で検索するにはどうするのか？
    BLASTを活用するには、配列領域をハイライトして、Net SearchメニューからBlast Selcetionを選択します。そしてBLASTクエリーウィンドウからサーバーURL(もしデフォルトでないなら)、BLASTプログラム、検索するデータベースを選択します。BLAST検索結果を表示したウィンドウが表れます。Entrezテキストクエリーを活用するには、New Text SearchをNet Searchメニューから選択します。探したいEntrez テキストサーバーと、データベースを選び、クエリーを構築します。Entrez検索結果を表示したウィンドウが表れます。BLASTやEntrez検索についての詳細は、Appendix5を参照してください。
  5. "A different version of Lasergene is running"というメッセージが、他のバージョンを起動していない時になぜ表れるのか？

    Lasergeneアプリケーションを起動しようとした時に"A different version of Lasergene is running"というエラーメッセージを、実際は他のバージョンのLasergeneは起動されていないのに関わらず受け取った場合は、削除されるべき他のバージョンからの*.stateファイルが未だに残っている可能性があります。

    解決方法は、以下のファイルを追加、削除することです：

    STARDM.state
    STARDM2.state

    これらのファイルは以下の場所にあります

    Macintosh:
    Hard Drive:Library:Preferences:DNASTAR:DataManager
    Hard Drive:Library:Users:username:Library:Preferences:DNASTAR:DataManager

    Windows:
    C:\Documents and Settings\username\Application Data\DNASTAR
    C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\DNASTAR\DataManager

    それぞれの場所に、これらのファイルを見つけた場合は、削除してください。一旦削除されれば、エラーはもう表示されなくなります。
NetWork-Answers
  1. いくつかのPCにLasergeneをインストールしたいが、可能なオプションは何か？
    Lasergeneはスタンドアローンシステム、ネットワークシステム、サイトライセンス形態で売り出されています。

    スタンドアローンシステム：１つスタンドアローンシステムを購入されると、１つのコンピューターにLasergeneアプリケーションをインストールすることができます。そして、いつでもそのプログラムにアクセスできます。

    ネットワークシステム：１つネットワークシステムを購入すると、１つのDNASTARライセンスサーバーをどれかのMac(OS 10.3もしくは10.4)、もしくはWindows(2000、XP,もしくは2003)コンピューターにインストールすることができます。このライセンスサーバーが同時立ち上げユーザー数を購入したシステム数に限定します。したがって、クライアントソフトウェアを、無制限の数のMac(OS 10.3もしくは10.4)、もしくはWindows(2000、XP,もしくは2003)コンピューターにそれらがライセンスサーバーと同じネットワーク上に接続されている限りインストールすることができます。このコンピューターは、すべてのクライアントマシーンがいつでもLasergeneにアクセスできるためには、常に起動している必要があります。また、サーバーコンピューターは必ずそのサーバー上のネットワークカードのTCP/IPに手動で設定された固定IPアドレスを所有している必要があります。加えて、もし１つのコンピューターが２つ以上のアプリケーションを起動している場合、このコンピューターは１同時使用とのみカウントします。従って、もし３システムネットワークを持っていれば、２ユーザー残っていることになります。

    サイトライセンス：交渉契約を通して、組織、団体は巨大数、もしくは無制限数のLasergeneシステムをリクエストすることができます。DNASTARの代理店に、詳細をお尋ねください。
  2. DNASTAR LicenseServerに必要なテクニカル条件は何か？
    DNASTAR LicenseServerはMacintosh OS 10.3以上(Intel もしくはPower PC)、もしくはWindows 2000, XP SP2, 2003コンピューターを必要とします。インターネットコネクションはソフトウェアを認識する際に、必須条件です。サーバーコンピューターは使用しているネットワーク接続用にTCP/IP設定に手動で設定された固定IPアドレスを所有している必要があります。DHCPを設定して、自動的に同じIPアドレスを更新することは、サーバーを適切に起動させなくしてしまいます。lserv (Macintosh) もしくは lservnt (Windows)と呼ばれるサーバープロセスは使用可能RAMの約５MB 、ハードディスクスペースの10MBを使用します。
  3. DNASTAR LicenseServerをインストールするにはどうすればいいか？
    DNASTAR LicenseServerをCDもしくはDNASTARのウェブサイトよりダウンロードしてインストールすることができます。インストールの詳細については、Installation Guideを参照にしてください。
  4. WindowsもしくはMacintoshにDNASTAR LicenseServerをインストールしなくてはいけないか？
    DNASTAR LicenseServerをMacintosh OS 10.3以上(Intel もしくはPower PC)、もしくはWindows 2000, XP SP2, 2003コンピューターにインストールすることができますが、１つのコンピューターにしかインストールできません。従って、常にオンになっている、ネットワークからアクセスが可能な固定のIPアドレスのあるマシーンをサーバーにしてください。
  5. WindowsとMacintosh両方にクライアントがある場合、DNASTAR LicenseServerを別々に準備しなくてはいけないか？
    DNASTAR LicenseServerにはMacintoshもしくはWindowsコンピューター、どちらでもなることができ、MacとWinのどんな組み合わせのクライアントマシーンでも、ライセンス数の限界まで管理することができます。
  6. クライアントマシーンにLasergeneをインストールするにはどうするか？
    DNASTAR LicenseServerをインストールした後、Lasergeneはサーバーのデスクトップに作成されたLasergeneClientフォルダーからクライアントマシーン上にインストールされなくてはいけません。インストールの手順はInstallation Guideを参照してください。
  7. LasergeneClient フォルダーを設定できなかった場合、どのようにLasergeneをクライアントマシーンにインストールすればよいか？
    サーバーインストール中、lshostと呼ばれるファイルが作成されます。このファイルはサーバーIPアドレスを含んでいます。lshostはWindowsではサーバーのC:\Program Files\DNASTAR-LicenseServer\Server、そしてMacintoshではサーバーの Hard Drive:Library:DNASTARLicenseServer に設置してあります。

    lshost のコピーを作ります。クライアントマシーンのInstallというフォルダーにlshostのコピーを設置します。加えて、クライアントのインストーラー(Windowsクライアントは、Lasergene 7.1 Win Install.exe また、MacintoshクライアントはLasergene 7.1 Mac Install です)を、今lshostを貼り付けた同じInstallフォルダー内に設置します。

    InstallフォルダーをCDもしくはそれぞれのクライアントマシーンにコピーします。Install フォルダー内のクライアントインストーラーをダブルクリックしてクライアントインストールを続行します。クライアントインストールが完了すると、lshostファイルはC:\Documents and Settings\All Users\Application Data\DNASTAR\Licenses (Windows) or Hard Drive:Library:Application Support:DNASTAR:Licenses (Macintosh)に設置されます。Lshostファイルはクライアントインストールに認識の一般的な反応過程をスキップさせますので、このような場合、認識ダイアログをネットワークユーザーは見ることはありません。
  8. どのようにしてDNASTAR LicenseServerが起動しているか知ることができるか？
    DNASTAR LicenseServerは情報提供として働きます。従って、コンピューターを起動した際に、自動的に起動されます。 Windowsでは、DNASTAR LicenseServerはControl Panel-Administrative Tools-Servicesに情報提供として見られ、タスクマネジャーでは、lservnt.exeとして表れます。Macintoshでは、Hard Drive:Applications:Utilityに普通見られるAvtivity Monitor,もしくはProcess Viewerを使用している時にlservを見ることができます。
  9. どのようにすれば誰が、いくつのライセンスを使用しているかモニターできるか？
    サーバー本体で、誰が今現在ライセンスを使用しているか、また、いくつのライセンスが使用されているかを確認することができます。

    Windowsのスタートメニューから、DNASTAR License Server>WlmAdminを全てのプログラム内から見つけ、選択します。WlmAdminを開き、左側のリストにある自分のサーバーを見つけます。右側は総合的なLasergeneライセンスと、誰がその時間ソフトウェアを使用しているかについての情報を提示します。View>Refreshを使用して、アップデートされた情報を得ることができます。

    Macintoshでは、その機能はHard Drive:Library:DNASTARLicenseServerにあります。IsmonはWlmAdmin.exeと似たような情報を提供します。Macintoshでは、IsmonをTerminal(Hard Drive:Applications:Utilitiesに設置されています)に、ドラッグアンドドロップし、スペースをはさんでlocalhostと入力して、サーバーについての全ての情報を見つけます。もしくは、以下のコマンドを入力します：

    sudo /Library/DNASTARLicenseServer/lsmon localhost

    それぞれのLasergeneアプリケーションの名前は、数字の6(例：GeneQuest6)に追随されるAdministrator内に表れることにご注意ください。
  10. Lasergene使用について、監査レポートを作成できるか？
    DNASTARはログファイルが自動的にインストールの際に作成されるなどの機能を所有しています。（ログファイルメンテナンスについては質問14を参照してください）。読解可能なテーブルに情報を表示するには：

    *Windowsでは、ログファイル、dnals.logはC:\Program Files\DNASTAR-LicenseServer\Server\Logsに見つけることができます。コマンドウィンドウを開きます(下左角のスタートメニューに行き、"ファイル名を指定して実行"をクリックしてcmdとタイプします)。以下のコマンドを入力します： d:\Progra~1\DNASTAR-LicenseServer\Admin\lsusage.exe-ld:\Progra~1\DNASTAR-LicenseServer\Server\Logs\dnals.log

    *Macintoshでは、ログファイル、DNASTARLicenseServer.log、は Hard Drive:Library:Logsに見つけられます。Hard Drive:Applications:Utilitiesに普通みられるTerminalを開きます。 以下のコマンドを入力します：
    sudo/Library/DNASTARLicenseServer/lsusage-l/Library/Logs/DNASTARLicenseServer.log

    使用要約レポートは日付範囲などの値を使用することで、限定することができます。DNASTARのウェブサイトのCustomer Resources-ManualsとDATA FilesセクションにあるSentinel LM System Administrator's Guideの90ページ目をみてください。
  11. クライアントマシーンのアプリケーションがサーバーにアクセスできないがどうすればいいか？
    もしクライアントが"Cannot connect to license server"というメッセージを受け取ったのであれば、それは以下のうちの理由によって引き起こされている可能性があります：

    *クライアントマシーンがネットワークに接続されていない。確認するためには、ウェブブラウザーを起動して、外部のウェブサイトに接続するか、違うアプリケーションを使用して、ネットワーク上のファイルを開いてみます。もしそれが成功すれば、以下の他のオプションをチェックしてください。
    *ライセンスサーバーマシーンがダウンしているか、サービスが動いていない可能性があります。対処するには、ライセンスサーバーマシーンを再起動します。
    *ライセンスサーバーマシーンが同じIPアドレス、もしくは名前を所有していない可能性があります。もしIPアドレスや名前が変更されていたら、情報は全てのクライアントマシーン用にlshostファイルに変更されていなければなりません。Lshostはノートパッドやテキスト編集のようなテキストエディターで開いて編集できるテキストファイルです。LshostはWindowsではC:\Documents and Settings\All Users\Application Data\DNASTAR\Licenses、MacintoshではHard Drive:Library:Application Support:DNASTAR:Licensesに設置されています。
    *新しいセキュリティパッチ、もしくはファイアーウォールがライセンスサーバーを設置するのを妨げている可能性があります。デフォルトでは、5093がライセンスサーバーによって使用されます。このポートが利用可能かを確認するか、アクセスの変更を決定してください。
  12. 追加ユーザー、もしくは追加モジュールを購入したい場合はどうすればいいか？
    DNASTARの代理店にコンタクトをとりオーダーを発注した後、サーバーをもう一度再認識していただく必要があります。(クライアントマシーンにはコストはかかりません)。サーバーを再認識するには、LicenseManagerを起動してDNASTARの代理店から配られたプロダクトキーを使って再認識します。サービスを再起動して、変更が有効になったかを確認します。
  13. コミューターライセンスとは何か？また、どのようにして誰がそれを使用しているのか管理することができるか?
    Commuter License Managerはそれぞれのクライアントマシーンに他のLasergeneアプリケーションと同じディレクトリでインストールされています。ユーザーはCommuter License Managerを使用してライセンスの1同時使用を30日までチェックアウトすることができます。このチェックされたライセンスは全てのユーザーの総合的な利用可能ライセンスを減少させることになります。

    一度Lasergeneライセンスがチェックアウトされたら、このクライアントコンピューターはネットワークから遮断され、Lasergeneアプリケーションは引き続き機能することができます。コミューターライセンスはもし誰かがLasergeneをラップトップで所有していて、離れた環境でそれを使用してライセンスを使用したい場合に有効です。ポリシーとしては、戻った際にユーザーはライセンスを元の通りにそのチェックアウトを戻しておくと他の人がそのライセンスを活用することができます。

    コミューターライセンスとしてチェックアウトされうるライセンスの割合は変更することができます。　もしそれらが使用されていなければ、デフォルトである100％の全てのライセンスがコミューターライセンスによってチェックアウトされることができます。下の質問16を参照して、どのようにその割合を他のシステムの変量に沿って変更するかを確認してください。
  14. ログファイルを維持するのに必要なことは何か?
    使用ログファイルは自動的にDNASTAR LicenseServerインストーラーによって作成されます。デフォルトでは、使用ログファイルの最高サイズは１メガバイトです。また、デフォルトでは、一旦そのファイルが最高値に達すると、ライセンスサーバーはバックアップログファイルを作成します。バックアップファイルの最高数は99です。
  15. "All licenses are in use"というメッセージが表示されたが、実際全てのライセンスが使用されているわけではないときは、どうすればいいのか？
    もしクライアントがLasergeneアプリケーションを閉じずにコンピューターを閉じたり再起動してしまった場合、もしくはLasergeneアプリケーションがクラッシュしたりした場合に、ライセンスが開放されない場合があります。これらの'不活性'ライセンスがサーバーによって開放されるのに2時間を有します。このタイムアウト時間が過ぎる前にライセンスを開放したい場合は、クライアントのアプリケーションを再起動してアプリケーションを正式に閉じるか、DNASTAR License Serverサービスを再起動します。サービスの設置には質問８を参考にしてください。
  16. Lasergene License Serverバージョン７をインストールしたが、フィーチャーリストは未だにLasergene6、と表示しているがどういうことか？
    会社等で、バージョン6と7を混在させて使用する場合は、Lasergene6、SeqBuilder6, SeqMan6等の、元のライセンスサーバーフィーチャーの名前を維持することになります。従って、ライセンスサーバーインストールには、常にLasergene6という文字を見ることになります。Lasergene7をインストールしたかを確認する簡単な方法は、LasergeneClient7フォルダーを開いて、Lasergene7.1Mac Installと、Lasergene7.1 Win Install.exeを検索することです。
  17. コミューターライセンスとしてチェックアウトできるライセンスの割合を変更するにはどうすればいいのか？
    上にて言及されたように、コミューターライセンスはある期間の延長時間分チェックアウトすることができます。従って、いくつのライセンスをコミューターライセンスとしてチェックアウトするかを限定することができます。様々な環境でコミューターライセンスとして使用されうる割合を指し示す必要があります。

    Windows：
    マイコンピューターをスタートメニューか、もしくはWindows Explorerからデスクトップに設置します。右クリックをしてプロパティを選びます。
    Advancedタブを選択して、Environment Variablesボタンをクリックします。
    システム変量リストのLSERVOPTSをダブルクリックします。
    この変量値は-Iがログファイルへのパスに追随されて含まれています。
    パスの後は、スペースを入力して－com、別のスペースを入力して％を示す2桁の数字を入力します。例えば、－com 50は、全てのライセンスの50％がコミューターライセンスとして使用できる、ということになります。
    コンピューターを再起動して変更を有効にします。

    Macintosh：
    HardDrive:Library:StartupItems:DNASTARLicenseServer:DNASTARLicenseServerにファイルを設置します。DNASTARLicenseServerスクリプトファイルを、テキスト編集やBBEditのようなテキストエディターアイコン上にドラッグします。ラインのあとに、ラインを設置します。
    ${lm_loc}/lserv -s ${lm_loc}/lservrc -l /Library/Logs/DNASTARLicenseServer.log

    パスの後は、スペースを入力して－com、別のスペースを入力して％を示す2桁の数字を入力します。例えば、－com 50は、全てのライセンスの50％がコミューターライセンスとして使用できる、ということになります。

    ${lm_loc}/lserv -s ${lm_loc}/lservrc -l /Library/Logs/DNASTARLicenseServer.log -com 50

    ファイルをプレインテキストファイル(ノンリッチフォーマット)として保存します。
    コンピューターを再起動して変更を有効にします。
  18. DNASTAR License Server サービスを再起動するにはどうすればいいのか？
    Windowsサーバーでは、コントロールパネルに行き、管理ツール>サービスを開きます。DNASTARLicenseServerをサービスの中から見つけ、右クリックして、再起動を選びます。

    Macintoshサーバーでは、ターミナルセッションを開いて、コマンドを入力します

    sudo/Library/StartupItems/DNASTARLicenseServer/DNASTARLicenseServer restart
  19. ネットワークを管理するのにより有効なツールが欲しい場合はどうすればいいか？
    DNASTARは現在KeyServer®-互換性バージョンのLasergeneを所有しています。このバージョンは現存するKeyServer®カスタマーにのみ提供されます。セールスの代表者に直接コンタクトをするか、sales@dnastar.comに詳細を確認してください。
    (KeyServer®はSassafras®Softwareの登録商標です。)
  20. どのバージョンのKeyServer®がLasergeneにサポートされているのか？
    Lasergene7.1はKeyServer®バージョン6.0と6.1に互換性があります。KeyServer®6.1はMacintosh インテルコンピューターに必須です。
  21. ユーザー内での酵素ファイルの共有の仕方
    カスタム酵素と、セレクターはEnzymes.ezdとEnzymesSelectors.sel という2つのファイルに保存されています。希望の酵素/セレクターファイルがどこに保存されているか検索するには、SeqBuilderを起動し、HelpからAbout SewBuilder(Win)、もしくはSeqBuilderからAboutSeqBuilder(Mac)へと行きます。すると、コピーライトの日付の前にある最後の行に、それぞれのファイルが保存されているディレクションがあります。そこにDMConfig.cfgという、検索すべき場所をSeqBuilderに伝える機能をするもう一つのファイルがあります。Windowsでは、DMConfig.cfg は C:\DocumentsandSettings\AllUsers\ApplicationData\DNASTAR\DataManager\1.0に、Mac では, HardDrive/Users//Library/Preferences/　DNASTAR/DataManager/1.0 にあります。DMConfig.cfgファイルは、BBEditもしくはノートパッドなどのようなテキスト編集のファイルで開くことができますので、希望の酵素/セレクターファイルについて、それが表示するダイレクトを見てください。
    したがって、一番簡単な方法は、まず、皆様がアクセスできるロケーションに共通酵素/セレクターファイルを保存して、使用者にこのファイルをテキストファイルで編集してもらうことでDMConfig.cfgファイルを選択してもらうことです。

システム必要条件

Windows®
  • 2000/XP、256MB RAM（512MB推奨）
  • 120MB以上のディスクスペース
Macintosh®
  • OS 10.3以上、Intel, Power PC、256MB RAM（512MB推奨）
  • 120MB以上のディスクスペース

※インターネットアクセス環境はインストールの際必要となります。

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