ゲルイメージ作成・ファイル変換
JelMarker
ゲルイメージ作成・ファイル変換
ルミネサンス、ケムルミネサンスやオートラジオグラフィーゲルイメージに対応した簡単、正確、かつ編集可能な機能を携えています。レーンからレーンへのシフトのために、カーブもしくは変形してしまったフラグメントの同定やサイズ測定にかかる時間を省くことができます。また、バックグラウンドのノイズなども除去してバンドの平均強度を算出しスタンダードカーブを作成するので、より精密な結果を得ることができます。2つまでのデータをTIFF,BIP,JPEG,TXTフォーマットでインポートして同時解析することができます。また、SCFファイルにて出力すると、フラグメント解析ソフトウェア、GeneMarker®から簡単にそれらのファイルをアップロードしてその後のジェノタイピング解析へと進むことができます。
- 対象アプリケーション
・AFLP
・Microsatellite
・TILLING®
・EcoTILLING®
・SNP discovery
独自のアルゴリズムによる JelMarkerの自動レーン・バンド同定機能
一度データがプロセスされると、ユーザーはレーンやバンドの位置や向きなどをコントロールできます。
JelMarker™ TILLING 及びEcoTILLINGについて
JelMarkerの変異検出モジュールではTILLINGおよびEcoTILLING のSNPsを、それらを可視化する新しいトレイス－トレイス比較技術で高速に検出いたします。さらに独自のアルゴリズムで700bp以上のTILLINGフラグメントのサイジングを行います。
TILLING (Targeting Induced Local Lesions In Genome)はシロイヌナズナのゲノムプロジェクトを通して2000年に初めて提唱されました。TILLING技術はエチルモルヒネ(EMS) による化学的突然変異誘発を採用して点変異を全ゲノムに対して誘発します。突然変異を起こしたポピュレーションは異種交配され、その結果生まれたポピュレーションは遺伝子の突然変異解析にまわされます。EcoTILLINGは一般的なTILLINGに加えてもう1つステップがあり、SNP検索を通して同定されたアレルのバリエーションによってグループ間や種間のハプロタイピングを行います。
EcoTILLINGデータの解析において、プールされた12サンプルのうちわずかな変異箇所を含むものが1つある場合、これらの同定はゲルイメージでは困難になります。それらのゲルイメージをトレイスビューに変換し、直接にトレイスを比較することによってJelMarkerでは解析時間を大幅に削減し、トレイスにデータを変換することで人間の視覚では見落としがちなバンドも検出することができます。
システム環境
PC
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Macintosh
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お問い合わせ
株式会社ネットウエル ライフサイエンス営業部
TEL：03-5368-3459
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